Depuis octobre 1569, le cloître est réduit à l'état de vestiges : en effet, catholiques et protestants s'affrontent à la bataille de Moncontour, tout près d'Airvault. Battues, les troupes de Coligny se vengent en endommageant des statues à l'intérieur de l'église et en incendiant une partie du cloître. Les chanoines occuperont désormais des maisons en ville jusqu'à la Révolution.